常用的有机肥发酵方法有四种:槽式发酵、条垛发酵、高温封闭发酵罐和纳米膜覆盖发酵。

发酵罐需要建造地面或地下发酵罐，在发酵罐两侧的间距壁上铺设导轨，罐舵柄向上移动，系统具有轨道交换机构，可实现不同发酵罐之间的转换。槽式发酵具有单一处理能力大、设施设备投资高的特点，适用于大型农场。

堆垛发酵不需要建造发酵槽，粪便在硬化的平坦表面堆积成一定的高度和宽度。地面堆垛机骑在桩上，通过滚筒或绞车旋转，自然风从桩两侧进入桩，为堆肥发酵提供氧气。堆垛发酵设施投资低，地面堆垛机形式多样，价格不同。

高温封闭发酵罐发酵在封闭发酵罐中进行，温度、通风和搅拌可手动控制，无异味，发酵周期短，营养损失少。单一加工体积小，适用于家禽养殖场。